1955年正式开业行医，任上海市中医药学会常务理事、上海市伤科学会主任委员，中国中医药研究院特约研究员，上海中医药大学首批兼职教授、研究生导师，上海中医药大学、上海中医药研究院专家委员会名誉委员，上海市名中医，享受国务院政府特殊津贴专家。1986年被卫生部授予“全国卫生文明先进工作者”，分别于1983年、1985年、1987年被上海市市政府授予“上海市劳动模范”。

在石仰山的率领下，石氏伤科以其研究室、工作室为基地，以科研、临床为两翼，不断地对石氏伤科历史渊源、学术理论、诊治特色、系列药品等进行了研究与开发，并以石氏伤科外用药之精华三色敷药的开发为突破口（已开发为石氏伤膏-现名复方紫荆消伤膏，国家三类外用新药），建立三个课题小组，开设六个专科专病特色门诊，申请课题十余项，同时特聘石氏其他代表性传承人施杞教授、石印玉教授等为顾问，开设专家门诊，成绩斐然。石仰山团队共有15人，拥有床位50张，年门诊量达15万人次。

石仰山具有深厚的中医理论功底，他强调伤科治疗内外并重，“十三科一理贯之”，以中医理论辨证施治的整体观指导伤科的临床实践，形成了一系列较为完整的石氏伤科理法方药体系，有效地运用于伤科临床实践。理论上，确立了石氏伤科“三十二字”治病思想，即“以气为主、以血为先、筋骨并重、内合肝肾、调治兼邪、独重痰湿、勘审虚实、施以补泻”。诊治上，突出骨折损伤内治三期治疗、伤筋三辨理筋六则治疗、内伤病变定位定性治疗、陈伤劳损辩证求因治疗等。用药上，擅长气血兼顾、注重兼邪、突出痰瘀、内外并重，脾肾同治，治病求本。内服配伍强调君臣佐使，尤以药对运用而屡建奇功，外用之剂配伍讲究辛窜走窍之品，注重剂型改革，疗效颇著，先后研制出石氏伤膏（现名复方紫荆消伤膏，国家三类外用新药）、椎脉回春合剂、石氏接骨片等一系列名方验方。手法上，石氏认为“手法是医者用双手诊断和治疗损伤的一种方法”，并将手法运用于伤科疾病的诊断，比摸患处以了解伤情，诊断后以“稳而有劲、柔而灵活、细而正确”的手法要领施以治疗。石氏手法一般常以十二字决为用，即“拔、伸、捺、正、拽、搦、端、提、按、揉、摇、抖”。

石仰山先后带教邱德华、李浩钢、林定坤、苏海涛、丘青中等全国各地多位学术继承人。2006年被中华中医药学会授予“中医药传承特别贡献奖”，2012年被中华非物质文化遗产保护中心授予“中华非物质文化遗产传承人薪传奖”。

石仰山先后编撰出版《中国百年百名中医临床家丛书·石筱山石仰山卷》、《中华名中医治病囊秘·石筱山石仰山卷》、《石仰山谈软组织损伤》等多本专著，发表《伤科的辨证论治》、《关于筋骨和肝肾关系的理论探讨》、《骨质增生》、《骨折论治》、《牛蒡子汤在伤科中的应用》、《石氏理伤手法谈屑》、《石氏消散膏治疗网球肘临床观察》、《论损伤血瘀》、《伤科用药举要》、《中医伤科对骨质增生的认识和治疗》等论文50余篇。

在长期的临床工作中，石仰山先后主持完成多项课题研究，如“椎脉回春汤治疗椎动脉型颈椎病的临床研究”，“骨密1号骨密2号脾肾同补治疗原发性骨质疏松症的临床研究”，“‘石氏伤膏’剂型改革及临床研究项目”，“急性软组织损伤早期反应与修复关系的临床与实验研究”，其中一项科研成果（石氏伤膏）1999年获得卫生部三类新药批文，二项课题获得上海市科学技术进步奖三等奖，三项课题获黄浦区科学技术进步奖一等奖。

石仰山积极参政议政，曾担任上海市政协委员，多届黄浦区政协副主席，他积极献计献策，对促进本地区中医药事业的建设作出了杰出贡献；其“促进中医药发展的若干建议”及“关于解决卫生系统职工住房困难”等提案获得优秀提案奖。